针对洁净室的洁净度要求，为保证洁净度，使用大风量的空调通风系统对室内空气进行多次的循环过滤，使室内空气中所含的微粒数达到要求的数值：千级洁净室大于0.5um的粒子数量小于1000粒/立方英尺，万级洁净室大于0.5um的粒子数量小于10000粒/立方英尺。对于千级洁净室使用50次/小时的换气次数，对于10K级洁净室使用30次/小时的换气次数。室内空气在循环过程中经回风口通过中效过滤器，在空调箱中经过初效，中效过滤器，在送风口中通过过滤器；新风在新风入口通过初效过滤器后进入空调机回风箱与回风混合。这样保证了对空气中微粒的控制。气流组织采用上送、下侧回乱流洁净室的组织形式，送风口装在天花上与送风箱连接，采用散流板的形式，回风口装在回风竖井下侧口上。这样的气流组织使空气达到了均匀的过滤净化。
洁净室的人员入口采用单人单吹的风淋室，人员在进入洁净室之前先经过换鞋，换衣等程序，然后经过风淋室，进一步去除人员身上可能携带尘埃粒子，保证洁净室内的空气洁净度。洁净室物品经过连通洁净室室内室外的传递窗进行传递。传递窗是由两扇密门和一个舱体组成，传递过程中两扇门不是同时开启的，所以室内外室气不会贯通，保证了室内的空气洁净度。传递窗内还设置了紫光灯，对所传递的物品上的细菌病毒也达到了一定的杀灭作用。
空调系统采用两台恒温恒湿风冷的式柜机，室外机装在楼顶，有效的利有空间。
空调风管采用镀锌版风管。因为镀锌版风管制作自由度较高，可以有效的利用夹层空间。
对于室内的维护结构均使用不产尘材料，壁板和天花均采用50mm厚彩钢板结构，彩钢板的缝隙均使用玻璃胶进行密封，防止室外空气的渗透，保证室内的洁净度。地面使用2mm厚环氧树脂自流平地面，光滑，不会产生灰尘飞扬。
对于千级生物实验室的生物三级要求，室内使用紫外灯灭菌。另外当空气经过滤器以后，因为细菌和病毒在空气中不是以单体形式存在，菌团或病毒群体的微粒直径大概在1-5um等价直径，经过DOP法测定过滤器穿透率都没有超过0.01％，被过滤下来的细菌病毒也因为缺乏生存条件不可能在过滤器上存活或繁殖，对整个生物实验室达到了有效的灭菌作用。整个洁净室安排负压-5Pa，使用专门排风机进行排风。因为实验室排可能会使用到各种药水，可能产生异味，回风口设计使用活性炭吸附过滤器，使空气在空调系统循环过程中去除异味，保持空气清新。
